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Amazônia Onlus opera nella regione del fiume Jauaperi, un'area di foresta primaria situata al confine tra gli stati brasiliani di Roraima e Amazonas. La regione, coperta di foresta tropicale, è ricca in biodiversità e ospita importanti specie vegetali e animali minacciate di estinzione, come la noce d'Amazzonia, la lontra gigante, il giaguaro e il lamantino, incluse nella lista rossa della IUCN.
 
Il Rio Jauaperi è parte della nuova area protetta chiamata Riserva Estrattiva del Basso Rio Branco e Jauaperi (Resex Jauaperi), estesa circa 600mila ettari, la regione è protetta e preservata dagli abitanti locali (leggi qui la notizia sulla creazione della RESEX Jauaperi nel 2018).
 
Lo Jauaperi ospita circa 1.000 abitanti tradizionali (chiamati ribeirinhos, cioè popoli del fiume), distribuiti in 10 comunità, che vivono principalmente di pesca e agricoltura di sussistenza. La comunità Xixuaú, base operativa di Amazonia Onlus, è abitata da un centinaio di persone e dista quasi 500 km da Manaus, capitale dello stato di Amazonas.
 
Il Rio Jauaperi è un affluente del Rio Negro, uno dei fiumi principali dell'Amazzonia centro-settentrionale. Il clima della regione è equatoriale umido, con una temperatura media di 25° C e due stagioni idrologiche. L'area è coperta di foresta primaria intatta, considerata di alta priorità per la conservazione della biodiversità amazzonica, perchè influenzata dalla combinazione di acque con diversa composizione chimica: scure provenienti dal Rio Negro, chiare del Rio Jauaperi e bianche del Rio Branco.
 
Lo Jauaperi è ricco di specie vegetali endemiche che producono frutti commestibili, oli, resine, tinture, erbe medicinali e includono legname pregiato e specie importanti per uso locale come l’albero della gomma e la noce dell’Amazzonia.
 
La fauna silvestre e acquatica è altamente diversificata e include numerose specie di pesci ornamentali. Solo tra i mammiferi sono state registrate più di 40 specie, 10 delle quali sono inserite nella lista IUCN delle specie a rischio di estinzione (il giaguaro, la lontra gigante, i delfini di fiume, la scimmia ragno, il lamantino,l’armadillo, il formichiere e il tapiro). Tra i rettili sono presenti la tartaruga gigante e la tartaruga testa grande, specie molto richieste sul mercato illegale insieme al raro caimano nero. Tra gli uccelli è di rilievo la presenza dell’aquila Arpia.

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